Raziskovalna področja

Morfologija, fiziologija in genomika bakterij iz različnih ekoloških niš

Bakterije so poleg virusov najbolj razširjena skupina organizmov na Zemlji. Zaradi svoje majhnosti in kratkih generacijskih časov se lahko hitro prilagajajo novim okoljem z diverzifikacijo presnovnih poti in celičnih oblik. Identifikacija novih vrst, analiza njihovih genomov in prilagoditvenih mehanizmov so vsebine tega raziskovalnega področja.

  • Ber P., Van Trappen S., Vandamme P., Trček J. 2017. Aeromicrobium choanae sp. nov., a novel actinobacterium isolated from the choana of a garden warbler. Int. J. SystEvolMicrobiol, v tisku
  • Trček J., Mira N.P., Jarboe L.R. 2015. Adaptation and tolerance of bacteria against acetic acid. Appl. Microbiol. Biotechnol. 99, 6215-6229.

 

Slika 1: Pri raziskavah uporabljamo različna molekulska orodja (plazmide vektorje, DNA-sonde, pretočni citometer itd.).

 

Zunajcelični polisaharidi: od genov do produkta

Nekateri mikroorganizmi proizvajajo zunajcelične polisaharide (npr. celulozo, acetan, levan), ki celico ščitijo pred izsušitvijo, pred vdorom inhibitornih substanc, omogočajo pritrjevanje na površine ali plavanje na tekočinah. Ti produkti mikroorganizmov pa so pomembni tudi kot emulgatorji živil, kot material za proizvodnjo bioobližev, diafragm, oblekitd.. Preiskovanje sinteze različnih zunajceličnih polisaharidov pri ocetnokislinskih bakterijah, njihova izolacija, kemijska in fizikalna karakterizacija ter preiskovanje genov, ki kodirajo te produkte in analiza regulacije njihovega izražanja so vsebine, s katerimi se ukvarjamo v okviru tega raziskovalnega projekta.

  • Škraban J. in Trček J. 2017. Comparative genomics of Acetobacter and other acetic acid bacteria. Vir: Acetic Acid Bacteria: Fundamentals and Food Applications, CRC-Press, v tisku.
  • Castro C., Cleenwerck I., Trček J., Zuluaga R., De Vos P., Caro G., Aguirre R., Putaux J.L., Gañán P. 2013. Gluconacetobacter medellinensis sp. nov., cellulose- and non-cellulose producing acetic acid bacteria isolated from vinegar. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 63, 1119-1125.

Slika 2: Komagataeibacter maltaceti SKU1109 tvori značilno mukozno 
biomaso na površini zobotrebca po nekaj dneh stresanja v tekočem 
gojišču (A), pelet ob odsotnosti zobotrebca v gojišču (B) in biofilm
na površini gojišča po nekaj dneh gojenja brez stresanja (C). 

 

Sestava mikrobiot iz industrijskih procesov

Sodobni molekulski pristopi so omogočili neposredno preiskovanje mikrobnih populacij, brez predhodne izolacije mikroorganizmov. Kot modelni industrijski procespri katerem z metodo sekvenciranja nove generacije spremljamo sestavo industrijskih mikrobiot, je proizvodnja različnih vrst kisa.

  • Trček J., Mahnič A., Rupnik M. 2016. Diversity of the microbiota involved in wine and organic apple cider submerged vinegar production as revealed by DHPLC analysis and next-generation sequencing. Int. J. Food Microbiol. 223, 57-62.
  • Štornik A., Skok B., Trček J. 2016. Comparison of cultivable acetic acid bacterial microbiota in organic and conventional apple cider vinegar. Food Technol. Biotechnol. 54 (1), 133-119.

Slika 3: Pimer prikaza sestave bakterijske mikrobiote vzorcev odvzetih iz industrijske
proizvodnje jabolčnega in vinskega kisa. Sestava je bila določena na osnovi preiskovanja
sekvenc genov za 16S rRNA s tehnologijo Illumina

Spletno mesto za svoje delovanje uporablja piškotke. Več o piškotkih.